Guten Tag, willkommen zurück und es freut mich,
some feel glückliche Gesickte zu sein.
Ja, wenn nicht, könnt ihr. So, ich
gehe ja vage an. Genau, auf deinem Punkt,
auf deinem Ash foringer Walker aufgehört habe. So,
das war am 1. Dezember, früh mit Walk Morgan,
habe ich im Kontext von Modellierung,
habe ich
über Seitenketten gereidet
Und das war Forien 24, so ist geil,
war ich halt mit deinem nächsten Tal von Modellierung.
So, die Idye ist man hat. An Sequenz,
man hat ein Template, an Chabole,
man hat die Alignments gemacht oder ein Alignment gemacht.
Und wir haben solchen Kevins, so good wie möglich optimiert oder irgendwo im Raum passiert.
Und jetzt haben wir Du machst immer noch ein Problem. So,
in unserer Alignment, und das seht Soul Else,
hier ist unsere ursprüngliche Sequenz, hier ist unsere Modell,
das wir gebärt haben, und so in dieser Template,
sorry, Helis, das Helis, die Template or Chebona,
Strukture aus der Pileye Bay, laut dieser Alignment gibt es Lücke,
Herr und Installationen her unter einer Lücke her.
Und das kann man physisch interpretieren. Das bedeutet,
so wenn das unsere Modell ist, das bedeutet,
von dieser Reste her, dieser Setting zu dieser Aspartat,
wir überspringen zwei Reste in unserer Chaborna,
das bedeutet von dieser Reste her zum nächsten Rester.
Ist da, ist nicht die normale Fair Angstron zwischen Rester,
aber es ist Seebel 8, 9, Angstrong.
Wir haben eine Lücke in unserer Struktur. Umgekehrt könnte man
sagen, wir haben zu Fehlerreste her. Ja,
so einer Rest und zu viel, dass man hineinquetschen,
computationally, gesign, hineinquetschen muss, lamos.
So, jetzt beißen wir zur Götter von Alignments.
Und es gibt ein bisschen Folklore, die ich nutzen werde.
Aber das grundsätzliche Problem ist, wir haben Stucker mit bekannter Struktur,
vermühte der Struktur aussage her. Und dann haben,
und sie sind or relativ fest in Android Demension ever on round.
Und was wir machen müssen, ist irgendwie diese Tal,
mit dieser Tal verbinde
Jetzt beißen wir zur Götter von Pertain-Struktur.
Hier ist ein super Hochniveau, symbolische Darstellung von Pertainer.
Es ist da eine Option in Chimera und es bedeutet,
Herr ist da ein Arraigo-mäßiger Secondary-Struktur-Tar und Heel ist vielleicht noch eine Affaelix.
Was wäre, was wäre machen, was wir machen wollen ist?
Wir münden dieser Tape her und diese Tape her miteinander verbinden
Aber es gibt da ein bisschen Folklore. Wir wollen diese Secondare-Striptotalen
nicht zerstören. Oder nicht irritieren. Und der Grund dafür ist,
hat man eigentlich nicht identische Pretain-Strukturen und übel lagen sie aufeinander.
Die Secondare-Strukturen sind meistens relativ weinrig. Und die größte Unterschäder
sind zwischen diese Teuren her
Ja, und das ist nicht 100 Prozent surverlässig, das ist mehr Fokus aus Wissenschaft.
Soll unsere Information ist, diese Tower, können wir sagen,
ist relativ fest und lese it alls relative fest.
Wir wissen, wie viel Rest du wir haben hier in
diesem Tal, den wir anpassen dürfen.
Wir wissen ja, wir wissen deinen Inhaut her.
So wie wir wissen, die Sequenz der Schleifer her.
So, diese Tower nennen wir ja noch einen Schleifer,
weil es nicht regulmäßiger Sequentar-Struktur ist. So,
um diese Specific zu sein,
was für Finden Nussern ist eine Ordnung von dem Rückgraten Seichenkettel,
das geometrisch möglich ist, also Stevishire covalent möglich ist,
und hoffentlich auch niedriger Energie hat.
Und es gibt auch ein paar mögliche Carshen, ist schnell durch.
Wir haben Distance Scountry, eine Dargenbank circa und vielleicht
ab und zu Broot Force
So, zuerst distanced geomitary. Distance geomitary is nicht in
deinem Innema-Vorleisungen in Hamburg erweitert oder würde nicht.
Distance geomitary as stine is 9er Begriff für Methoden,
die purbären, quote nachen, herzustaunen, aufgrund bekannten Abständer.
Und die rollen uns zur kerne magnetische Resonanz ist,
von kelle magnetische Resonanz bekommt man Schätzungen von Abstände zwischen Wasserstoffatomen.
Nicht sein Fehler. Aber nur Abstände. Und aufgrund dieser Abstände
muss man, muss man dreidimensioneller Kurde nach und brettlern.
Und es ist überhaupt nicht einfach. Aber der Begriff dafür
von Aufständen zur Kurdonage ist Distance German Try.
Und es ist besonders relevant her, war Wir kennen fehle
Abstände zwischen Stauen her. Wir wissen,
dass der Abstand zwischen dem Aufferkohlenstoff in Restorf I is 3,8
dong strom from them out of a kohlenstoff in Restor E
plus 1. Als Beispiel auch für covealenter Abstände.
Und wir haben vier eigentliche curvealenter, curvelent, bekannte Abstände.
Wir wissen, dass our pepty Bindungen sind 1,3,2 Angst rum
Und wir wissen genau, wie lang ein Afrikonenstoff,
Beiter Cohen, Stoffbindung es soll 1,5 Angst haben, 2 weiter.
So, wir kevin Fehlerabstände, The Cannonfille Wincon,
und von Wincon können wir immer einen Abstand berechnen.
Und das bedeutet, wir haben noch ein bisschen Informationen für
hier, ihre Atom in diesem Tal.
So, wir können Distanz Geometry nutzen, um plausible,
unordnungen für diese Schläufe zu bauen. Und zu unseren Ärgern,
der kritischsten Abstand, könnte man sagen, ist von diesem Endpunkt zu diesem Endpunkt.
Und wenn wir neue Schleife machen, das Käuferland in Ordnung ist,
hat richtige Wincon und befriedigt die, oder passt zu dieser,
diese Begrenzung her, zwischen Daisytown, Daisytown,
ist dieser Tal von Distance Game of Three chemisch plausibel und passt in unsere Prettane-Struktur.
I can't be what, was man bekannter mänder,
er ist eine Ordnung von Atoman,
mit Google Game of Three, und keiner Kollisionen,
das ist er auch in der Distance Geometry-Mentale eingebaut.
Wir haben minimale Abstände zwischen Atomen. Was wir vielleicht ignoriert
haben, sind Thorsions Wincon. So,
wir haben etwas mit richtiger Bindungen her,
aber wir haben wahrscheinlich relativ viel nicht so plausible Thorsions Wincon.
Aber die kann man mehr Energienminimierung rebrieren. Und diese Methode ist benutzt,
oder ist aktuell benutzt in einer der populärster modellierungsprogramm,
Distance Geometry,
um Schleifer zu repräieren
Zweite Methode, das wirklich auch sehr schlau und auch populär ist, heißt Datenbank Söker.
Was wir haben, Herr, ist deine Ref,
ist deine Schleifer mit 3, 4, 5,
9, Rester, eine Schleife von einem Bekannten größer.
Stellen wir, stellen wir uns vor,
das wäre eine Schleife mit neuen Resterhausen. Okay,
geil wäre, zum Pröting-Darrenbank und nehmen wir die Kurdenaten von
Auerschwafer mit einer längeren von neuen Resta.
So, wir haben noch eine Bibliothek von Fragmenta.
Fragmenta that passende Größe. Dann messen wir dein End- bis
Ende Abstand in dieser neuen Resta-Talen.
Sortieren wir unsere Liste. Es wäre eine riesige Resta,
aber dann können wir es schnell finden.
Auer natürlicher Gallomatrice für Schlafer
Mit der rücktigen Abstände, die hier passen würde.
Und das ist Syphischeuer, weil wir haben nicht nur Plausible-Schleifer.
Wir haben Gayo Matrice für Schleifer, die zu finden
in der Privating-Datenbank sind. So sie sind garantiert coverland,
okay, und wahrscheinlich haben sie auch relativ gute Torsionswillkommen.
Wir können unsere Methode ein bisschen besser machen in deinem Wir gucken nicht nur auf die,
auf deinen Abstand von Herrn Mark Herrn,
sondern wir gucken auch auf die Sequenz in diesen neuen Restertal und will,
wir bringen eine Neigung in unseren Datenbank zöckern,
für Schleifer mit direkt, mit der richtigen Länge und eigentlicher Sequenzen.
Und dann haben wir Weglückschlaf und die chemische Plausible
sind und vielleicht identisch oder versagt einfach.
Eigentlich zu unserer Gevolsur-Sequenz. So, das ist auch populär
Letzte Methode, die ist nicht weg, weg mag,
aber man könnte das machen für kleinere Stücke.
Wir können Britforce und Simulationen nutzen. So, ich würde sagen,
dass mit Breekforce Methoden, man kann Partain-Strukturen nicht vorhersagen,
aber eine Schleife ist vier Run-Fucker,
außer ein voller Partain-Struktur. You know,
you know,
Es ist klein. Und die Endpunkte sind fest oder fast fest.
So, wir haben einen relativ kleinen Soko-Problem. Und das
können wir lösen für den Light mit Matt Nicht Brit Fuss,
Soka over on a secret simulation,
in deinem Wir fangen mit fast zufällige Koordinaten an.
Und dann machen wir
ein atomischer Simulation und der tomen Solta Krasches
Und plausibel, torsionswenkonfinten. Wie groß ist der,
ist der Sukran für dieses Problem? Stellen Sie sich vor
. So, wir machen dann eine wirkliche realistische Berechnung.
Wir haben für jäure Western 2, 3 Bar Winkeln, Surphie und PC.
Sagen wir, dass für jeder Vieh und ihre PC,
wir haben 12-0 bekommen, so 12 Möglichkeiten,
Abstand von 13 Grad dazwischen.
Nicht so, nicht so genau, nicht so schlecht.
So, wir haben Pro-Röstern, haben wir zwölfmal zwölf Möbel Carsham.
Haben wir in Ress, Ress-Röster, haben wir
ein 144 hoch die Zau der Rester, Möbel Carsham.
So ist es nicht für einen Kleinstopp. Es ist nicht
so größer als so grau. Und man könnte auch good argumentieren,
dass die Interessante Sukrawn ist feel clorn. Ich sagte,
wir haben in meiner Rechnung, Rechnung, wir haben Strophmögliche Carsion,
auf diese Achse und zwölf Mögliche Cardin, auf diese Achse.
Sie können good argumentieren, dass wir brauchen nicht zwölf Möglichkeiten,
hier zum Beispiel, wow, die Wahrscheinlichkeit,
einer Psywinkel herzufinden, ist sehr, sehr klein.
In diesem Bereich, es gibt fast keine Rester.
So, wir können einfach mögliche Carsion hersurkeln
Und hier und her. Und noch ein paar her.
Aber die total sind nicht so interessant. Die Eta ist,
man könnte sagen, das Interessantes Sulgram ist clein up aus
, ist Darsteller