Jetzt 15 Folien zur Abstands- Matrizen und dein Verglag von Strukturen
von unterschiedlicher Größe, mit Lücke und Inselzionen.
So, Abstandsmatrizen. Sie sind ein sehr alter Methode um Pretain-Strukturen zu beschreiben.
Und was meiner ist genau, typischerweise redet man von auch Verkohlensstoffabstandsmatrizen.
So, ich habe die Steuer 1, 2,
3, 4, 5 und so weiter bis zu mein
letzter Rest
Und so, das ist für einen Pretain.
Und die Steuer her. Und ich habe dein,
und dein Abständer zwischen Steuern in ein Holbe-Matritz eingetragen.
Surf deinem Diagonal habe ich nur Nulls. Der Unterschied zwischen Steuer
2 und Stel 2 ist Null zum Beispiel. Etwas,
das sie vielleicht nicht wussten, ist der Abstand zwischen Benachbarenter,
Author Cohenstoff Atoman im Pretainer, ist immer fast 3, Akt Unstrong.
So, there Abstand zwischen, zwischen deinem Cohenstoff von Reste 2
und deinen Affe-Cohenstoff von Reste 3 ist 3, Akt Angstrong.
Und das bedeutet in diesem Matritz habe ich eine Reihe von
Werter, die 3, Akt Angstrong sind.
Sollen die dir genau und nächste Elemente sind sehr langweilig.
Aber der Rest der Matritz ist interessant. So,
ich habe unterschiedliche Werte her und die entsprechen die Pfaulton eines Pretains
Ein bisschen allgemeiner. Herr ist ein scannertisiert, Abstandsmatrix.
So, ich habe die Restenummer hier und die Restortnummer her.
Und ich habe kleine Werte auf diesem Abstandsmatritz dargestellt.
So, wir haben immer nurs auf deinem DA, genau.
Und stellen Sie sich quote, dass wir euren Auferhelix betrachten.
So, das bedeutet, ich habe immer klein oder werter
bei jeder Rundung.
So,
ich habe immer kleinere Werte für Rester
Und E-Prus 4. So, es gibt eine Reihe für einen Arthur Helix,
eine Reihe von kleiner Werter, ein bisschen vom Diagonal verschoben.
Sternen Sie sich vor, dass sich ein Paralou Bayer Foudboard haben.
Dann habe ich zur neuen Struktur des Gefallen und ich habe
eine Reihe von kleiner Abstände. Und es ist parallel,
so ich habe E und Y und Epo Science,
Y Pro Science, Epos 2 und York Prust 2.
So, ich habe noch eine Reihe von kleinerer Werder,
Paradowell zu Dia, genau, aber weiter verschoben davon.
Das wäre ein Paralou Bayer Foudboard. Und ein Beeter,
ein Anti-Parallel Bayer Foudblood, gibt kleinere Version, die senkrecht sind.
So, man sieht, mag man ein sogenannter Contact-Map,
so ein Abstandsmetriz und die kleineren Abstände,
kann man die häufig vorkommendste Secondars-Struktur oder Strukturen sofort erkennen.
Okay, was kann man, was ist der Relevanz zur Appleute-Invergalker?
Sternen Sie sich vor, dass ich habe ein Abstandsmetriz von
Präuter in 1, ist subtrahera, dein Abstands-Matriz für ProJain 2.
Und wenn die Prätainer fast identisch sind,
dann habe ich Werder in meiner Unterschied Abstandsmatriz,
die fast immer Glike null sind.
So, der Unterschied zwischen Abstandsmatrizen ist ein sehr guter Messswert
für dein Unterschilder zwischen Präuter
Habe ich zwei Pretainer und Why Operatine und ein schwarzes Pretain,
mache ich ein Unterschied zwischen Abstandsmetrizen, bekomme ich ein Matriz,
der gleich größer, After im Diagonal sind die Werder immer null,
mit Einsteller verschoben, sind sie immer 3,8,
aber so baut ich mich von deinem Diagonal entferner,
bekomme ich größere Verser.
Habe ich eigentliche Strukturen mit einer Sharmia-Beweigung hier,
dann sind fast Auerwerter relativ clim,
war auch sogar der Unterschied zwischen Deserester und dieser Rester,
ist gleich in beide Strukturen und nur sehr weit von Diagonal habe ich diese größere Unterschiede.
So, mit diesem Bild sei ich relativ schnell das,
ich habe zwei ähnliche Pretainer, aber ich würde zugeimpfen,
man brabt dieses ganze Bild um die Einlichkeiten zu sein und
Leute mögten normalerweise einen Wert für ein Leckard bekommen und das
ist schwierig und man wird Informationen verlieren,
aber damit muss man leben
Wie berechnet man ein einzelnes Zahl, um zusammenzufassen, die Unterschiede zwei Metrizen?
Man benutzt ein anderer RMS-Die-Wert oder typische Weiser. So,
wir haben unsere Abstandsmatrizen und jeder einen Tag in unserer Abstandsmetrizen,
das ist ein DI zwischen Stern I und J.
Die Adamus DI-Werter zwischen Abstandsmatrizen, ist, wir besuchen für jeder Atom-J,
fangen wir hier mit I, our möglicher Nachbarn J.
Und es ist der Unterschied zwischen Elementar oder Einträger in dieser Abstandsmetrizen,
Hog 2, das machen wir für jede Stirne und alle Nachbarn von jede Steller her.
Die Zahl der Einträge, wir arbeiten mit einer halben Metriz,
so ist die Zahl der Einträge ist N, mal N,
minus 1, Dirk 2.
Zum Ende müssen wir Nuno serien. Und weil es ist ein Rhythman Square wert,
wir haben eine neue Potenz von 2 her und ein Quadratwürzel hier.
So, das ist noch ein angenehmer Zusammenfassung von Abstandsmetrizen
Noch einer kleinen Zusammenfassung. Ich habe gereitert von unterschiedlichem Modeller für identische Ketten.
Ja, Story, ich habe nicht die schwierige Prop,
das schwierige Probleme betrachtet, von und die schädliche Pretainer.
Und vergleicht man Modeller oder Koordinagen für Enpoy Chain,
ein AdamS-Die-Wert ist die Popularste
Methode. Man braucht eine Überlagerung
Aber dieser Messwert ist für Charnier-Beweigungen sensibel. Und es ist
von der Größe der Predant sehr abhängig. Und wir nutzen meistens Aftercolen-Stoffatomen,
ab und zu aller Rückgratsatomen und weniger aller Atomen in How,
innerhalb eines Prechains. Aber they fortown it Adamistay Vader ist es,
die Zahlen in Angst haben ein relativ einfach zu interpretierender Bedeutung.
Aber um einige Karten besser zu charakterisieren, sucht man nach Stellen,
die geteilt, die eigentlich sind, zwischen Konfirmationen,
so ein Someset von Atomen, die einleg sind.
Wir sollten nicht vergessen, dass es gibt andere Messwerte,
die vielleicht besser aus Adamistay sind.
Aber es gibt eine Eigenschaft, dass damit man einfach leben muss.
Es ist nie möglich mit ein einzelner Zahl,
our Informationen zu behaupten, ungeaktet,
ob wir von Adamistay-Version von eukludischer Quodinaten reiten,
oder von Abstandsmatrizen.
Wir werden immer Informationen verlieren
Jetzt kommt eine bessere Frage. Wie kann man Pretainer vergleichen,
wenn sie einlich sind,
aber sie haben unterschiedliche Größe und vielleicht braucht man Luca,
Luca und Insertionen, um die Einlegkarten zu sein.
Diese Paar von Pretainer sind wirklich sehr einblick und es ist einfach,
ein Adamus Diver zu bregnen, nach deinem,
wer ein Alignment haben soll, wir brauchen
Eine Liste von entsprechenden Stellen. So, wie Heeres ist
ganz klar, aber hier haben die Paratainer vielleicht unterschiedliche größer.
Es gibt vielleicht einen Rest mehr im Leader Prochain her.
So, das ist schwieriger. Ja, wir brauchen diese
Alignment. Und man könnte vorschlagen, dass man mag,
was knäher am Akt. Und das funktioniert häufig. So,
wir haben, wir wissen, haben wir die Strukturen?
Wissen wir die Sequenzen? Immer. So,
wir können noch ins Sequenzalignment machen und dann haben wir eine Liste von
entsprechenden Stellen in diesem Pretain und in diesem Prechain her.
Und aufgrund, vielleicht aufgrund eins Sequenzalignment, wissen wir,
dass dieser R für Arginain in Plotain 1 hat.
Keiner entsprechende Stelle im Pretain 2. Das ist sehr nützlich für ähnlicher Prochainer.
Es ist kein Problem, ein Sequenzalignment für menschlicher Himmelgolbin und Rascha.
Himmelgolbin zu überrechnen. Aber dieser Paar hier, mein Beispiel von vorher,
haben nur 17-1 Prozent Sequenzen in den Details.
Und das bedeutet, mag ich ein Sequenzalignment,
bekomme ich nicht ein optimal Strukturalignment.
So, ich brauche eine andere Strategie,
um entsprechende Stellen zu finden
Hier ist das Problem ein bisschen klarer dargestellt. Ich habe
ein schwarzes Pretain und ein Blaues Perchain. Es gibt eine Überlagerung. Hier,
in deinem Mann seht, dass die Pretainer sehr ähnlich sind,
aber es gibt eine Lücke in dieser Blauen Blaues Pretain her.
Und ich kann kein Awainment berechnen, war bei niedriger Sequenz
Cident Details, habe ich viele Pfeile, Buzz Suquence Elimans.
So die eine Folge ist, wir brauchen Methoden,
die auf Arthur Kohlenstoffe sich basieren und Methoden, die Sequenzen nicht nutzen.
So und wie schwierig ist diese Methode, sind diese Methoden?
Sie sind nicht einfach. Diese Awainment seht einfach aus,
aber ich kenne die Antwort von Anfang an.
Ich kann keiner klassischer Standarddynamische Programmierung, Methode nutzen,
wow, ich kann die Sequenzen nicht vertrauen.
Sie sind zu unterschiedlich. Und am Anfang weiß ich nicht,
ob ich eine Lücke hier brauche oder hier oder hier oder irgendwer
anders oder eine Lücke länger einsort 2 oder verliked in Pro-tain 2,
gibt es eine zusätzliche, zusätzliche Secondar-Struktur-Element.
So, ich kann nicht aus systematisch ausprobieren,
sonst habe ich schon ein kombinatorischer Explosion.
So, es ist ein schwieriges Problem. Mein Iday,
DAI aus der Literatur ist,
ich nutze ein paar Tricks, um dynamische Programmierungsmethoden anzuwenden,
am Ende
Der erste Vorschlag, die Dein Mann häufig hörte, ist,
kann ich Secondar-Struktur-Elemente nutzen, um das Problem zu vereinfachen.
Es funktioniert nicht. So, das Problem war,
ich habe ein potenziell komponentorischer Explosion. In einem Portainment,
100 Euro, 11.000 Atomen, habe ich nur vielleicht sechs Secondar-Struktur-Elemente.
So, das ist viel einfacher. Ich könnte
die Secondar-Struktur-Elemente finden und einer Überlagerung von dieser Paar-Einheiten süken.
Und dann für jede Rester könnte ich die entsprechende Paaren in deinen Smart-Protainer finden.
Und dann könnte ich die entsprechende Reste nutzen, um ein AdamS-Dai-Wert.
Ich könnte sie nutzen, um ein AdamS-Dai-Wert zu überrechnen.
Das Problem ist, dass es funktioniert nur mit Braigo-mäßiger Secondars-Struktur-Elemente.
Und es funktioniert selten mit Strukturen, die so aussehen.
Diese Struktur ist fast ausschließlich Beta-Found-politisch. Und bei ein anderer Teuschal unterschiedlicher Portain,
das Beat-the-Found-Pledicies, bekomme ich kein guter, einzigartiger Alignment,
weil jeder Strang von einem Bleiter-Found-Platin, desa-Protain, Aynold,
ein Strang von einem Pornheim, Beat-the-V-Bot in diesem Portrain.
So die Sorge-Methoden funktioniert nicht
Ein Methode, die sehr gut funktioniert,
ist ein bisschen komplizierter und es gibt unterschiedliche Methoden in der Literatur,
aber die grobe Addiest, man nutzt überlappende Fragmente von Proytainer.
Und es ist diese allgemeine Addie ist das Basis von vielen Methoden,
die gut funktionieren. Wie funktioniert das? Heres mein ganzer
Peutin-Kater. So, jetzt einfach aus seiner Linie dargestellt.
Meine erste Fragment entsteht aus dein erster vielleicht hober Dutzend Rester.
Von meinem Peutin her. Mein zweites Fragment ist die nächste
halber Dutzend überlappender, halber Dutzend Rester und Salvata.
Säue von meiner Kette her,
habe ich Fragmente länger K für ein Peutin länger in,
bekomme ich in minus K plus 1 Fragmenter.
Okay. So, ich habe mal eine Fragmente.
Jetzt. Ein guter Methoder. Betrakten sie dieser Fragment her,
aber jetzt gefoltern, wie in dem Ursprung eucher Peutin.
So, vielleicht ist die Supertane dieser Fragment her.
Einen Halbdreihungen von Outer Helix. Oder ein Beta-Strang aus seinen
, by the foldboard. Für diese Fragment her kann ich
ein Mini-Abstandsmetritt sprägnen. So, das ist ein Abstandsmetriz,
aber nicht für mein ganzes Proytain.
Nur für diese Fragment her. So, es hat eine
länger von Phillight sechs Rester.
So ein Mini-Abstandsmetrit
Habe ich ein Abstandsmatriz? Weiß ich, dass ich kann,
dass ich immer Abstandsmatrizen miteinander vergleichen kann. So,
hier sind die Fragmente von Protein 1 und die entsprechende Mini-Abstandsmatrizen.
Hier sind die Mini-Abstandsmatrizen von Protein 2. Und ich kann
ein RMS-Dye-Wert zwischen Mini-Abstandsmytrizen prägnen. So, hier habe ich
der erste Fragment von Protein 2 unter einer Englichkeit wert.
Zum 1.2. Trisha Abstands mit Fragment-Besehrer Abstandsmatrizen von Preutein 1. Alka,
jetzt habe ich eine Bewertungsmatriz von Ähnlichkeiten von Fragmenten.
Und jetzt habe ich etwas, das ein Sequenz-Alignment-Problem einnommt.
Die Optimal-Überlagerung entspricht einem Pfad durch diese Matriz
Und für ein struktureller Überlagerung kann es schon ein klassischer
dynamischer Programmierungsmethode, genau wie in Sequenzvorleisungen anwenden.
So, Neroman und Wunsch oder Smithan Wardman oder GoTo Methoda.
Und dann habe ich in einem nymerischen Sinn eine optimale Überlagerung von
zwei Portainern mit Unterschiedlichem größer und mit Lücke und Institutionen.
Dazu brauche ich Gap Penalties und diese, die kann man
empödisch schätzen. Ein bisschen wirkelig. Aber jetzt habe ich
schon eine Methode für strukturelle Alignments
So, um diese Addites zusammenzufassen,
ich habe einen Prettane, ich finde die überlappende Fragmente,
ich vergleiche die Fragmente aufgrund ihrer Mini-Abstandsmatrizen und dann nutze ich ein Alignment,
genau wie in Sequenzvorlesungen. Und von dieser Aligned Fragmente,
ein eherer Fragmente,
bekomme ich an einer Liste von entsprechenden Stellen innerhalb der zwei Pretainer
und von dieser Liste von entsprechenden Stellen kann ich Adamez Diversia
bregnen und vielleicht ein Adamez Diver für die überall Abstandsmatrizen bregnen,
um eine Ähnlichkeitswert für zwei Pretainer von unterschiedlicher Größe
Wie wichtig sind dieser strukturelle Einleckkarten?
Sehr wichtig. Sonst würde ich dieser Vorleisung nicht halten.
Ein Beispiel. Es gibt endloser Stickprober in der Literatur.
Ich habe eins, vielleicht wirkürlich oder beispielhaft auch erst gebaut.
So, das ist noch ein Beispiel von einem Book von
Phil Bohn und Helen Weissing.
Sie haben strukturell eigentlicher Paaren von Portainer charakterisiert, ein tausend Paaren.
Hier ist die cattern länger, der Portainer von 100 bis ein paar hundert Rester.
Die Strukturen sind einleckt und hier ist die Sequenz einleckert.
Es ist keine Überraschung, dass bei 90 oder 100 Prozent Sequenz seinleckert.
Es gibt viele ähnliche Portainer-Strukturen. Aber hier haben wir noch
gute Sequenz einleckert. Die würde man mit Sequenzmethoden finden.
Aber ganz unten gibt eine Menge Portain-Paren, die strukturell ähnlich sind.
Aber sie haben wenige aus 20 Prozent Sequenzidentität.
Und die gröber Herr würde man nie mit Sequenz basierter Methoden finden.
Obwohl die Strukturen sehr einleck sind.
So, man braucht struktureller Überlagerungen
Jetzt probiere ich alles zusammen zu fassen, fast aus.
Wir brauchen Brötchen, Klassifizierungen, die kann man aufgrund Sequenzen machen,
aber man bekommt vielleicht nicht bessere Informationen,
aber andere Informationen, wenn man Strukturbesehrungen, Methoden nutzt.
Für strukturelle Vergleiche, für Enploy-Chain müssen wir unsere Ausbau von Atomen definieren.
Für unterschiedliche Approachinger, so rathamegroupin und ein Gläuben von einem Zwanzer
, braucht man eine Liste von entsprechender Atomen.
Für eigentliche Proteiners Sequenz einliche Approtainer kann man Paaren von Sequence
Alignment nutzen und so funktioniert die strukturelle Alignments in Chamera,
aber für evolutionär enfanter Paaren fragt man rein Strukturbesehrer Alignments
Gut, um alles zusammenzufassen. Leute söken immer Klassifizierungen von Prototainer,
aber Mann bekommt unterschiedliche Antworter, wenn man Sequenzen eure Strukturen nutzt.
Und sogar, wenn wir in Evolution glauben,
ist es möglich, dass die hydrakisches Gamer-Total künstlich sind und
sie sind etwas für Menschen und nicht etwas,
das natürlich aus deinen Daten sprengt
Das Reit und das nächste Timer in deinen nächsten Dateien
wird Rheuma für Project