Jetzt mütte ich die Frage von hyurakischer Krusten vergessen.
Und Evolution vergessen und einfach
struktureller Eigenlichkeit quantifizieren
Es gibt eine Frage, das häufig vorkommt mit Pretraining-Strukturen.
Und es ist eine Frage in ein paar unterschiedlicher Kontexte.
Ich mache ein Simulation von einem Pretain. Und
wie viel hat mein Pretain sich in der Simulation geändert?
Oder ich habe eine Sammlung von Modelle für eurem Pretain,
vielleicht mit Canon magnetischer Resonanz-Stage berechnet.
Und wie eigentlich sind diese Modelle für ein Molekül?
Oder ich habe ein Modell gebaut Und in ein paar Wochen Speicher
würde ein Kristall-Struktur gelöst. Und wie nah ist mein Modell
zur richtigen Antwort. Okay, das ist eine Frage.
Klingt einfach. Eine schwierige Frage, schwierigere Frage ist,
wie eigentlich ist rascher Himmelgläubin zur menschlicher Himmelgläubin?
Der Unterschied zwischen diese zwei Fragen ist, in meiner ersten Frage,
ich habe ein Pretain immer die gleiche Zahl von Atomen.
Zweite Frage ist, ich habe zwei Unterschädlinge und zwei ähnliche Pretainer,
aber unterschiedlicher Pretainer. Und sie haben nicht nur Mutationen,
aber vielleicht haben sie nicht die identische Länge.
Und diese zwei Vergleicher sind sehr unterschiedlich.
So, ich fange mit der ersten Frage an.
So, Ähnlichkeitsmesswerter für unterschiedliche Versionen
von einem Pretain
So, die ein vereinfacherer Fall. Ich habe ein Pretain
unterschädliche Konfirmationen. Was nützen wir pregnen? So wirker Einheiten.
Vielleicht einer einer Skala für Einlichkeit mit Zahlen zwischen 0 und 1.
Das ist eine Möglichkeit und es gibt Soke-Skala in der Literatur.
Vielleicht nütte ich Winkorn, Sociosionswinkeln innerhalb ein paar Funkstrukturen miteinander vergleichen.
Aber was man sieht in der Literatur, ist, amstandsbasierter Messwerscher.
Weil sie sind einfach zu interpretieren. So, Saga ist,
dass die Blaue-Kohle-Kohle-Nachen hier eine, die schwarze Karorenagen her,
mit einer typischen Wert von einem Angstrom, dann wissen sie,
sie sollen fort, dass sie sehr ähnliche Strukturen sind.
Okay, und wenn ich sage, ein Angstrom,
das muss ich definieren, so was meine ich mit einem Angstrom?
Ich nutze dein Wort typischer. So, das sehen wir
ein Durchschnittsunterschied zwischen Kohlenagen. Und das ist fast, was
wir berechnen werden. So, einfach für ein Analogie,
denken sie über ein Messwert, der einen Standardabwagung einnommt.
Zum Beispiel, wir haben zwei Pretainer hier, meiner Wow,
und schwarzer. Es gibt individuelle Unterschäder zwischen entsprechenden Stauern,
die mit deinem mit deinem fehlenden Mark Hill sind.
Und wenn ich sage, ein Angstrom und Shade,
sie haben eine Adidas, die definieren länger diese Pfeilen,
ungefähr an Anangstrom sind.
Aber formulalisieren wir dieser Idia
ein bisschen mehr
Ich nutze eine Standardabwakung für die Erklärung. Wir reiten hier
nicht von einer Ectors Standard Standardabwakung. Unsere Ziel ist etwas,
das RMS-Day heißt. So, für MORG nicht für die Wahrheit.
Hat man eine Sammlung von Zahlen, man kann ein Durchschnittswert belegnen,
so die Summe meiner Zahlen und ich muss am Ende noch notieren.
Eine Standardabweichung Könnte man sagen, ist die Durchschnittswert der Unterschiede zwischen Werter und einem Mittelwert. So,
die Summe von Yay de Vert im Bezug deinen Durchschnittswert her,
ich mache aus Hog 2,
um das auch als Poositivist, ich nehme mal Serra,
birgt die Zau, meine Beobachtungen,
und dann mache ich ein Quadratwürzel her.
Was man mag mit Kohlenagern,
ist eigentlich nicht identisch
Aber unsere Probleme haben zwei Sammlungen von Kode Natens.
Kode Naten her und her und für jede Stelle
in der Erster Prettane habe ich schon ein Vector her.
So diese Vector, das ist die, die sind
die Kode Naten, für Leute ein After-Kohlen-Stoff von Resta E.
Und die vergleiche ich mit deinen entsprechenden Quodenaten hier aus
meinem Zwangen-Projein
Und die klammen her, bedeutet, die länger der Unterschied zwischen den zwei Vektoren.
Das ist der Abstand in eurem treudimensionalen Raum zwischen einer Stelle
im Product 1. Und die entsprechende Stelle Imploydance 2.
So für Reste 27 Imployee 1 und Resten 27 in der 2. Konfirmation.
Ich mache diese Werte, ich mache deinen Namen, ich springe deinen Werter zur Hoch
2. Sammler dieser, oder Sumera, dieser unterschiedenswerter Normalisierer,
durch N, wahrscheinlich die Zahl der Reste.
Und weil ich habe die Unterschiede Hook 2 her,
mache ich am Ende ein Quadratwürzel her.
Und das ist die berühmte RMS-Style-Wert, oder der berühmte AdamS-Day-Wert.
Und es gibt ab und zu liked wunderschädlichen Namen dafür.
So AdamS root main square, AdamSD,
root main square dviation oder root main square difference.
Und einfach kleinen Buchstaben geschrieben, ab und zu Großburgstaben
beschrieben.
Sie sind aber gleich
Wie berechnet man genau dieser Adam-S-Day? Es ist einfach Solgar
zu programmieren. Wir haben unsere Definition und das bedeutet,
wir fangen auch mit irgendeinem, einer Stelle,
also wir fangen hier an, wir prägnen diesen Unterschied,
das ist diese Unterschädel her, zu mehreren dieser Unterschied,
hope 2, mit dieser Unterschädel Hope 2 und dann Deezer und Deezer und Deezer.
So, wir laufen die zwei Malerkühe entlang zu mehreren
wäre dieser Stelle auch wie Idam Shit.
Und die Unterschäde Prötchen-Quodinaten sind wirklich einfach dreidimensioneller Quote in Atem.
Dieser Unterschied her ist nicht mehr aus Ex,
in Deezer Pretain minus Ex in Days of Pretain und die
Upson Version und die Zellwehrer aus Hogue 2.
Und das ist dieser Unterschied her hoch 2.
Es soll kein Tricks her. Aber es ist nicht wirklich
so einfach zu bretten. Head is time pretain and blair,
head is mine pretain in schwarz, bekomme ich diese Koronaten,
sie sind vielleicht nicht miteinander richtig überladet.
So statt diese schöne Überlagerung zu bekommen,
bekomme ich vielleicht diese schwarze Koronaten und diese blaue Koronasen.
So impliziert ist, ist, wenn da diese Formel an,
nach deinem Esch einer Dreiung und Transulation gemacht habe.
So, ich muss noch eine Transultransulation berechnen,
unter eine richtige Dreiung. Und das mag ich in Praxis-Drike-Sitings,
sollen mir dann Filme auch firma tritts.
Nicht ein, dreimal drei und ein Vektor
Die Transulation und Rotation sind nicht so, die Marta ist nicht
so einfach, aber konzeptuell ist es nicht so schwierig.
Ich habe, ich brauche ein Center of Mass,
sondern das Zentrum des Masses für ein Pretain ist die Summe von Kodenaten,
Maul Masser.
Aber am Ende muss ich normalisieren mit die Summe der Masser
So auf diese Stelle,
so wenn es so ein richtiger Zentrum des Masses wäre,
so stellen Sie sich vor,
dass ich schreibe von Kohlenstock,
Kohlenstoffattomen mit einem Masse von zwölf und vielleicht Sauerstoffattomen mit einem Masse von Sekt sein,
dann multipliziere ich die Quodinaten mit deinen richtigen Massen und dann muss ich teilen durch die Summe der richtigen Massen.
Bei Protainer für like Arbeiter ist nur mehr auf der Kohlenstoffe
und dann sind die Masse alle like und die kann ich vergessen.
Okay, aber ich berechne ans Zentrum des Masses und ich kann die Quodinaten,
das Zweite des Zweiten Approtains,
auf dein Zentrum des Masses des Aston Protains machen mit einer einfache Translation.
So, Central Mass vom Aston Protain im Vergleich zum Zentrum
des Masses, des Zweiten Protain her.
Die Drehung ist nicht so einfach zu prägnen. So,
was wir brauchen, ist eine Drehung,
das minimiert unserer überrechneter Adames Diever.
Das bedeutet, dass die Atomen legen Solna wie möglich aufeinander.
So, wir brauchen eine Translation, eine Drehung und nur danach
können wir unsere Adames Dievert Formo anwenden.
Aber wir sind nicht am Ende wirklich
Es gibt noch keine Frage. Völker Atona sollte ich benutzen. So,
hisn't my zwei Pretainer, die gleich auf Pretainer von zwei Folien.
Aber jetzt habe ich die Seuchenketter hinzugeführt. Wie viele Atona-Braucher
ich für Pretain-Vergleich habe? Für die Light oder wahrscheinlich Braucher
ist nicht mehr aus der, also die Rückgrats-Pretainer.
Und das bedeutet, die Stickstoff Alpha-Kohlenstoff und Carbonyl, Kausstoff, Kohlenstoff.
Aber das muss man, so es gibt keine richtige Antwort her,
die, was man nicht vergessen soll, ist,
man muss die benutzte Atomen definieren.
So, was passiert, wenn man auch für Kohlenstoff Atomen
nutzt, im Verglag zur aller Atomen.
Und das sieht man auf meinem schönes Bild her,
die Rückgrat Atomen sind sehr nah einander,
aber betrachtet man die Searchenketten, habe ich mehrere Unterschäder.
So, was meine erwartet ist,
hat man our Atomen oder nutzt man our Atomen,
um ein RMS-Day-Wert zu prägnen, bekommt man eine größere Add-on-Stay-Wert.
In der Literatur sieht man, ohne eine Erklärung,
eine Add-on-Stay-Wert, würde ich schätzen. Sie haben nur einen Kohlenstoff,
das auch für Kohlenstoff von Jeder Reste benutzt.
Fast soll häufig, nutzen Leute aller Rückgrats Atomen.
So, Stickstoffs, Affe-Kohlenstoff und Carbonyo-Kohlenstoff.
Und redet man mit vielleicht Leuten, die Docking-Brechnungen machen,
dann vielleicht haben sie auch Searchenketten, Atomen benutzt.
Aber man muss einfach nicht vergessen, zu fragen,
zu fragen, völker Atomen würden, benutzt.
Ich bin noch nicht mit Add-MS-Stay-Versure Ferging
Es gibt noch ein Phänomen, dass man bei Actor Proteins sieht.
Wie vorher habe ich schon ein blauer Proteinhieb und
eine schwarze Prochain her. Und Bregner ist einer,
um eine Adam S-Dave zu überregnen, brauche ich eine Überlagerung.
Es gibt hier eine mögliche Überlagerung,
aber es besieht sich nur auf diese Tal her,
das entspricht dieser Tal her
Und hier. Und hat diese tolle Heer und Heer,
hier und her, ignoriert. Aber wie kann man die eigentliche tollen finden?
Und das braucht man, weil berechnet man ein Adamez-Day-Wert?
Hier würde man eine riesige Wert bekommen und man würde nicht sein,
dass die blaue und schwarze Pretainer sehr eigentlich für ein Tau ihrer Strukturen sind.
So, wir brauchen eine Methode, um ähnlicher zu teilen,
zu finden. Und es ist ein toi toi greedy Methode.
Aber funktioniert fast immer. Und S-Systemethode, die in Kmera
implementiert ist. Wir brauchen zuerst eine Hilfefunktion. So,
wir haben eine Funktion, dass eine Überlagerung berechnet,
das nennen wir es Superrimpulse,
und das berechnet die nötige Translation und drei Jungen von Koodynagen her,
er strickt auf Koodynaten.
R. Aber wir haben eine dritte Argumentation, und das ist
eine Liste von Stellen, die man nutzen sollte.
So, vielleicht am Anfang machen wir eine Überlagerung mit an 100 Prozent der Sternen.
Aber vielleicht in diesem Algorithmus nutzen wir nur ein paar Sternen,
um die Überlagerung zu berechnen.
So, unsere Superrimpulse, Überlagerungsfunktion, bringt Koodynaten erstrickt auf Koodynagen
R. Aufgrund eines Someset, der mögliche Stern
Sorry, we mat ein Programm Week Merra,
dein Ausfall von interessanter Stellen für eine AdamS-Day The Recknow.
Wir brauchen am Anfang einer Grenzwert. Zum Beispiel zwei Amstrum.
Das werden Sie ja ein paar Sekunden sein. Is nonterday
einer Liste von Stellen vorher, aber es ist ein bisschen mehr.
Was wir brechnen, so, stellen Sie sich Fotos,
wir haben ein Pointtain mit 100 Rester.
Auf Steller 1 Nach keiner ursprünglicher Überlagerung bregne ich deinen Abstand
zwischen Stellerangst im Portaine Eye, Portaine 1 und Portaine 2.
Und dieser Abstand spare Carration Die. Und dann für Reste
2 und 3 und so weiter. So, ich habe
deinen einer Liste im Day mit Abstände zwischen entsprechenden Stellen in deinen Spare Protainer.
Der Trick ist, Sortiere, diese Liste von Amständern.
So, ich habe am Anfang meiner Liste die Steuer mit
deinen größten Untershade zwischen entsprechenden Stellen in deinen Steuer-Protainer.
Jetzt, prägnerisch, aufgrund meiner ersten Überlagerung,
ein Adam-Stave Ad von die zwei Protainer.
Und das ist, das nenne ich Diff.
Für den Differenz. Und ich habe mein wirkürlicher Threshhole-Grenzwert,
das Light zwei Angst rum ist
Und jetzt habe ich noch einen Schleifer. Ich besuche meinen Arry
Die und ist entferner der Mitglied mit deinem größten Abstand zwischen Konfirmationen.
So, schaut mal in meinem Paratainer überlagert. Ich fand
das auf Stelle 57, die Koordinaten sind weit voneinander.
So, ist ein ferner, dieser Abstand von Die und
ich entferner. Steller 57 von dieser Liste von Koordinaten.
Die ist Supreme D ist mit... So,
mit der Ish Superimpose füttern. So, Ishhin Fanner,
die Steuer, das mit deinen größten Unterschied zwischen Pleutscheiner.
Ich brechner meiner Unterständmaler-Unterschädel neu. Und dann brechner ich
die neue Adamez-Styvert. Aufgrund dieser Subsets. Und das ist
meine neue Differenz. So, ich hatte einen 100-Bester,
ich shen Fanner,
ein Paar von Codenaten
Und berechnet alles neu. Und ich sage, ist mein RMS-Day-Wert?
Diese Differe ist es noch größer als mein Threshold von zwei Angst haben. Und wenn ja,
entferne ich dein next größter Paar von Quodenaten und Ehrenabstand,
brechne dir die RMS-Day-Wert neu und ist geier,
diese Schleifer rundum, mit jedem Schritt,
entferne ich das Paar mit deinem größten Unterschied und ich gehe rundum,
bis mein berechnerer RMS-Day wäre, kleiner als ein Threshold ist.
So, ich kann Atomen entfernen, bis ich
irgendeiner RMS-AdameS-Day-Wert bekomme. Am Ende habe ich einen Unterschied,
dass Kleine aus meinem Threshold ist, dann gäbe ich zurück
die Liste von betrachteter Paaren und mein letzter LMS-Day-Wert.
Oder vielleicht gibt es kein Überlagerung, nett, deren Wert,
Kleine aus meinem Threshold ist und dann gäbe ich kaputt zurück.
So, ich finde, schrittweise die Sammlung von Atomen,
die am eindlichsten sind zwischen Spark Protainer.
Und das ist ein Gredi-Agorithmus, es ist nicht garantiert zu
funktionieren, aber es funktioniert fast immer.
Und es ist in Kmera imponentiert. So,
am Ende habe ich eine Samstag von interessanter Atomen
Aber es ist nicht so einfach zu interpretieren.
Am Anfang habe ich strukturelle Unterschädler, quantifiziert,
aus einer Zahl von Angst drum, AdamStyle.
Aber diese Metrode impliziert, das ist ein anderer Messwert brauchen,
weil ich hatte ein Grenzwert von zwei Angst drum, zum Beispiel.
Und ich habe Atomen entfernt, bis mein AdamStyle liegt unter diesem Grenzwert.
So, AdamStyle hat keine Bedeutung mehr. Was ich brauche,
ist die Zahl der Rester, unter dieser AdamStyle-Welt,
Zoll von 100 Rester, wenn ich die beste 60 betrachte,
habe ich eine AdamStyle-Welt von zwei Angstlern.
Aber die Information ist, es gibt 60 eigentlicher Rester.
Nicht die AdamS-Dye-Wert. Und es gibt noch einen implizit Reigo.
Yay, weiniger Atoma ist betrachten,
desto weiniger der Stolkraner ist mein berechneter AdamStyle-Wert.
Das sollte man
nie vergessen
Adam Estay wäre, Adam Estay Versia sind die wichtigsten Werte in der Literatur.
Sie sind nicht vielleicht die beste Werte in der Literatur.
Und ich kann sie übel zeugen.
Zum Beispiel. Ich habe noch ein Schwarz-Protein hier.
Und ein blaues Pretain her. Sie sind fast identisch.
Aber es gibt noch eine unterschiedliche Winkel in diesem Bereich her.
Ich schmacke einer Überlagerung des Blau, des Blaues, Pretain here,
auf meinen schwarzen Approach hin und bekommen diese optimale Überlagerung.
Ich habe ein richtiger Drehjungen, Translation berechnet her.
In diesem Bereich sind die Atomen sehr nah einander,
aber her sind sie sehr, haben sie sehr unterschiedlicher Komoote-Nachen.
So, ich habe ein sehr größer RMS-Day-Wert, Bracknet. On vo,
diese Teile here ist identisch mit Desitor und dieser Tal
here ist identisch mit Desitor und dieser Tal
here ist identisch mit Desitor und dieser Tal here,
erklärt die Englichkeit überhaupt nicht.
Die schwarze und Blaue-Strukturen sind fast identisch mit nur einem kleinen Unterschied her.
So ein RMS-Day-Wert ist sensibel für kleiner Bewegungen oder Chanier-Beweigungen.
So, das ist ein größtes Problem mit Adam Estay-Werter.
Sie sind eine Methode, die Informationen zusammenzufassen,
aber kann verwirrend sein.
Das ist nicht
das einziges Problem
I'm problem the häufig in der Literatur ignoriert ist,
nicht immer, ist, wie signifikant würden Sie sagen,
an bestimmter Adam-Style wert ist.
Ich habe zwei Protainer und es gibt da einen Adam-Style wert
von fünf Angst rum. Sind Sie ein Rekordenecht?
Betrachten Sie zwei unterschädliche Fehler. So, wie gross ist
das größte möglicher Adam-Style wert
Für zwei Pretainer länger 50. Wie groß ist das größte,
möglicher Adam MS-Style wert? Für Pretainer länger 100. Ich kenne
die Antworten nicht, aber es ist bestimmt größer,
wenn man längere Ketten hat.
Oh, okay. So, wir haben ein Problem mit
einem Clime-Pretain.
Kann man
größerer Vera
nicht erreichen
Wir können nicht sagen, dass 5hangs, 5hangsraum größer oder klein ist.
Es hängt davon, wie größer unser Preytain ist.
Wir können uns so ein bisschen statistisch ansehen. Stellen Sie sich vor,
dass ich habe, zufälliger, polemäre Kerra, länger 50 oder länger
1100. Die Durchschnittswert für zufälliger Kescher, länger 50,
muss kleiner sein, als zufällige Werte für länger 100.
Und das bedeutet, 5hangsraum ist vielleicht relativ groß für kleiner
Preytainer, aber relativ clein für größere Preytainer. So,
und das ist wirklich der Fall für kleiner Preytainer, 5hangsraum,
Adam S-Tay bedeutet, dass sie seien wirklich unterschädlich aus,
aber für ein Rebersäumen zum Beispiel hat zwei Rebelsäumale Strukturen an Adam S-Tay-Wert von 5hangsraum,
sie seien identisch aus.
Und das Problem ist nicht pro-tain bezogen,
es ist der V bei our Anwendungen von struktureller Adam S-Tay-Werter.
Sogar bei Klein-Molekülen, die man in Profraradas Vorlesungen trifft,
hat man ein kleiner Legant, zwei unterschiedlicher kleiner Legenden,
kann nicht an Untershade von fünf Angstraum haben,
weil sie sind so klein.
Wir können diese Eigenschaft
ein bisschen quantifizieren
Und hier ist Daily Die. Es gibt da ein paar Studien in der Literatur,
in deinen, sie haben zufällige Protainer, miteinander,
aber ernährt, strukturell ernährt, und Adamesty wäre Bregnat.
Und was man sieht, und das ist wirklich,
wie Sate mit Actor Preytainer, zufälliger Protainer,
es hat nur ein länger Phone für vielleicht 15. Sate man,
wäre die vielleicht zwei Angst um Adamesty sind,
aber bei 100,
drei Angst vorn und bei 4067 Angst vorn.
Natürlich gibt es Fehler, Sketter über diese Werscher.
Und Woker Form hat diese Durchschnitt, war Kurve her.
Das können wir antworten. Es gibt zwei Methoden. Man kann, sorry,
wahrscheinlich hat fast keiner in diese Grüppe Polemär Terry gehört,
aber es gibt etwas, das heißt Flory Theory.
Und das ist für Polemär Cater, die nichts mehr machen,
aus Selbstkollisionen vermeiden. Und es gibt auch ein anonytische Ergebnisse,
für die zufällig für die erwartete, zufälliger Englic Carsion her.
Und das ist Adamesty Werscher, wächst mit der Drüssel-Potenz der Zahl der Talsion.
Aber das habe ich geschrieben. Aber das ist nicht in dieser Vorleisungen.
Das ist für Leute, die Polemär Terry immer ergönnen.
Was sieht man bald Preytainer? Rein empirisch.
Die Phone für diese Kurve ist auf der nächsten Folie
Und ein guter Reigol ist. Für Point-in-Struktur, Vergleicher,
die RMSD-Werte wachsen, mit ein Potenz,
ein Drittel Potenz von der Zahl der Rester.
Und dann könnte man ein interessanter Adamez-Diver definieren,
mit einer Form von einem Null-Off-Set her.
Und irgendeinem konstant her, unter einem Drittel Potenzfunktion der Zahl
der Reste
Und das ist wirklich ein guter Down, oder egon.
Es gibt viele Leute, die, die Probleme mit Adamez-Style-Werte gesignt
haben. So, es gibt Alternativer in der Literatur.
Vielleicht würden sie sagen, kann ich Winkeln benutzen?
Ja. Zur Winkelung sind größer, unabhängig. Es gibt
Probleme mit Winkeln. Hier sind zwei Konfirmationen von einem Plythain
. Sie sind fast identisch her und fast identisch her,
aber Es gibt da eine Dreijunge hier und einer Dreijunge her.
So, ich habe zwei, drei Jungen, aber sie kompensieren füreinander.
So, ich habe einen Winkel her und einen Winkel her.
Dieser Tal ist ausgeflippt und in diese Konfirmation. Und ich habe das Problem,
dass eine Bewegung oder eine Änderung von zwei Winkeln messe ich
aufgrund deinen Winkeln, ist größer aus einer Änderung von Einwinkel
Ja, so. Ändere ich nur einen Winkel her.
So, ich flippe das ganze Struktur rüber. Das wäre eine Änderung,
aber ändere ich zwei Winkel und kompensieren sie füreinander.
So, es gibt keiner oder fast keiner Korrelation zwischen Änderungen in Winkeln.
Und unsere Wahrnehmung, Wahrnehmung von Englic Cardinal.
Okay, so, Winkeln funktionieren auch nicht
Aber es gibt noch eine Philosophie, die man relativ häufig seht.
Und das sind die Familie von Messwerten,
die sich auf Abstandsmatrizen basieren