Guten Tag und willkommen und es gibt On-Build in meinem Kopf.
Die ganze Familie ist angereist, um zusammen unter deinem Weihnachtsbärm
zusammen zu sitzen und aus einer Einheit, Beo-Informatik-Vorleisungen zu sein.
Ich werde über die Klassifizierung und Vergleich von Pretain-Strukturen rein,
so ist es da ein langes Timer.
Zuerst noch ein bisschen Rettfertigung und ein paar Folien zu Apretin-Jourmina
und dann Klassifizierung, die Klassifizierung von Pretainer.
Und erwarten wir hydrakischer Krusten vom Pretainer. Das werde ich erklären.
Erwarten wir Pretain-Krusten überhaupt und ein für mich interessantes Timer,
die Unterschiede unterschänen zwischen Sequenzeinlichkeit und struktureller Einlichkeit.
Und es gibt ein paar Beispiele, Klassifizierungen vom Pretainer,
aber dann kommt ein langer Rett, langeren Teil,
langer Rett teil,
die Methoden um Pretain-Struktur
Einlichkeit zu quantifizieren
Ein bisschen Rettfertigung für das Timer. Und da ein bisschen
Hintergrund. Hat man evolutionär, eng verwandter Sequenzen oder Pertainer
, würden sie erwarten, dass sie eigentlicher Sequenzen haben.
Weniger Zeit, wir berühren Mytationen. Aber haben sie evolutionär
verwandte Pertainer, die nicht so eng miteinander verwandt sind.
Hat man wahrscheinlich unterschiedliche Sequenzen, aber vielleicht hat man ein ähnlicher Strukturen.
Und ich habe Beispiele und The Toils in ein paar Folien.
Warum interessiert man für Preaching Classifizierung? Es kommt vor im
Bereich von Plotine Funktion von Hellsager. Und die Ejokretierungen vom
Pretainer und die Interpretation von Biochemischer Darge zum Beispiel.
Und es trifft auch den Bereich von Preaching Struktur Vorhersage.
Ein paar Beispiele
Ein Beispiel, man nutzt Classifizierungen von Peritainer,
um Funktionen vorherzusagen und die Argumente sind fast genau, wie in Homologie-Modellierungen.
So, that macht man ein Homologie-Modell für eine Struktur? Die Frage ist,
kann man ein verwandter Peritain finden und kann ich oder darf ich sagen,
dass mein Peritain ein ähnlicher Funktion und Struktur hat?
Bei Classifizierungen von Peritainer sind die Argumenter identisch. Ich habe
Klassen vom Creltainer und ein paar Mitglieder sind good charakterisiert,
biochemisch gesellen. Wenn Sie sagen können,
dass Eres Peritain ein Mitglied von einer Klasse ist,
könnte man sagen,
dein Peritain Air Peritain hat wahrscheinlich ein ähnlicher Funktion zu
anderen Mitgliedern des Klasses
Das Timer trifft auch Strukturvorhersagen vom Protainer.
Physisch gesein, wie viele Protain-Strukturen sind möglich. So,
man hat eine Cater mit 50 oder 100 Rester,
wie viele Konfirmationen könnte diese Cater finden.
Es ist ein riesiger Zahl. Und natürlich,
es gibt viele Ad Hawk. Wirkhörlicher Entscheidungen, was bedeutet
eine Konfirmation. Aber die Zahl der Möglichkeiten ist Astronomisch.
Hat man zwei oder drei Möglichkeiten bei einem Minus oder
Mal zwei oder drei Möglichkeiten auf der nächsten Stelle und so weiter,
hat man für 50 Rester 2, 2 oder 3
hoch 50 mögliche Carsion für eine sehr kleine Cather mit 50er Menussäulen.
Im Vergleich, wie viele Prettin-Strukturen gibt es After Ada?
Natürlich weiß niemand, aber Schätzungen ist es zwischen
ein paar tausend und vielleicht so hoch wie sein Hochwehr.
Ja, so, es gibt sehr wenige Prettin-Strukturen, die biologisch vorkommen.
So, das bedeutet, die circa nach Mactodon um Prettin-Strukturen
vorherzusagen, ist noch eine circa in einer riesigen Raum.
Aber ein anderer Frage wäre,
haben Sie ein neues Prettin oder neu gefundenes Prettin,
könnte man Strukturen vorhersagen, in deinem,
man sucht unter bekannten Strukturen die bestpassender, schon bekannte Struktur.
Und das wäre ein Methoder für eine grobe Strukturvorhersager.
Und das habe ich nicht erfunden,
das ist die Philosophie hinter vier Modellierungsmethoden
Jetzt kommt eine Definition, die wir brauchen für kommenden Folien.
Sie haben wahrscheinlich Preytainer, Preyting, Domina,
schon kennengelernt in Bearshamay-Forleisungen. Meine Definition von Preyting,
Domina, ist sehr spezifischer. In Bearshamay-Forleisungen hört man,
dass ein Preytain hat ein Prelight Catholythische Domain und ein Legant,
Bindung, Bindung, Binden und so weiter.
Das ist nicht
meine Definition
In By Perchain Classifizierungen reitet man normalerweise von Protein Dominor.
Und die klassische Eddie ist, wir haben noch
eine Perchain Cater, das hier sehr amstrahiert ist.
So, es gibt unterschiedliche Braka in diesem Protain.
Und vielleicht gibt es eine Funktion für diese Talherhe und
deiner Funktion für diese Talherhe und Servager.
Und das entspricht ab uns zu, was man bei Perchain
Strukturen seht. So, hier ist noch ein sehr alter
klassisches Beispiel von Leser Home und Cress Sander.
So, es gibt ein toxen Hear und in Haupt
diese Struktur gibt es drei strukturelle Braka.
So, Deezer Talhere, so just is not in back terrials toxen.
These are talhere, annot, I'm sever you logues bindenden Perchain
von anderer Leibnsagen. Und strukturell gesein, diese talhere,
I not me our globbyn oder das berühmte Hamer-Globby in Vater.
Falthon. Und diese Talhere, I not eine andere back
terrielle Toxen. So, es sieht aus,
als ob das ganzes Protain ist von drei Einheiten gebärbt.
So, das ist die klassische Erklärung von Protain Dominor.
Aber wir brauchen etwas so
ein bisschen spezifischer
Jetzt ein Total-Realistisches Beispiel. Service ist nur ein Beispiel von
unserer Grüber, weil es entspricht die Literatur-Erwartungen, ganz genau.
So, für Leute denken sie nach meiner ersten Vorleisung,
dass ich arbeite, nur mit Matrizen und Optimierungsmethoden.
Und das stimmt nicht wirklich. Wir helfen Biologen und Biochemiker relativ häufig.
So, hier ist ein Beispiel aus der Biologie von Kollegen
aus kleinen Flop-Back. Sie hat einen neuen Pretainer,
sie haben noch einen Protainer, weniger Ahnung,
was dieses Pretain macht und noch keine gute dreidimensionelle Struktur dafür.
Aber man kann ein Homologiemodell bauen. Und das ist kein
Problem. Es gibt reichende Sequenz-Signal-Cards zu einer bekannter Struktur.
So, here is don't modell für das Pretain.
Es gibt ein Teil hier, das ich habe frei erfunden.
Es gibt kein Struktur für deinen ersten sechzigen Ameno-Säuren.
Aber dann kommt, was wie ein Domin aussieht, hier.
Und noch ein Gemein her und noch ein unter mein Herr.
So, strukturell design würde ich sagen, es gibt drei kompakte Einheiten.
1, 2 und 3. Und ein vierter Rätsel heftiger Teil.
So, draughter mind up mit Struktur und einer möglichen Dominan
her. Das ist strukturell gesign. Jetzt vergleichen wir
diese Information mit Dominer auf der möglichen Dominan her.
Das ist strukturell gesign. Und jetzt vergleichen wir,
Jetzt etwas, das total fremd aussieht.
Wir haben neun Sequence Alliman. So, wir haben
ein bisschen mehr als 4000 Sequenzhomologen für einen Perchane her.
So, herdesklusssequenz in road. Für das Prechane,
das unsere Kleigen interessiert. Und gerobetallen sind Lücke.
So, wir haben 4000 Sequenzen unserer Ausgangssequenz her
Und zum Beispiel eine Gruppe her, die allein,
die sich sehr gut erinnern, auch ein Elend hier.
Aber es gibt keine Reste hier. Jetzt betrachten wir die Geheimnisse
in mehrere Details. Auf der linken Seite gibt es ein Dändrogramm.
Es ist kein philogonerischer Band. So ein Dändrogramm,
die sich sehr auf die Anweisenheit oder Abweisenheit von Amene säulen.
Zum Beispiel, es gibt diese Blaue Gruppe hier in der Hauptdingsel,
sorry, these are blaue Etikettiere Gruppe hier.
Innerhalb dieser Gruppe feilen die Reste hier komplett. So,
aufgrund dieses Alarmments würde ich sagen, es gibt 1,
2 und 3 Domainer. Soher ist unsere 1. Domain.
Es ist anweisend in unserer Ausgangssequenz, aber feilt hier.
So, wir haben eine gute harsche Grenze hier, die erste sechssinge Gröster.
Dann gibt es einen zweiten Teil, einen zweiten Teil hier.
Und diese teure Heer feilt in feel sequenzen her,
innerhalb dieser Blaue Gruppe ist die Gröpe in der Domainer 1 und 2 feilen.
So, es sieht aus, als ob ein klassisches Beispiel
von einem Pretaine mit Trennbarer timen.
Diese Bakterien sind total glücklich, own voll,
these are the mine and these are the mine feilen.
Jetzt bringen wir die Sequenz und Stücke eurer Bürger zusammen
So, here is my hear is mine struktur an
ein Guschelmodell dafür und here is mine sequence alignment.
Und es ist ein Pretain. So, diese Sequenz,
diese Struktur her, die Sequenz für dieser Struktur her ist
mit dieser grüner, grüner Berat-Gehaal-Arschers.
Und was sind die entsprechenden Deminer?
So, der erste Teil ist diese Tal here
Der zweite Teil inspringt Deezer-Bereich her. Das feiert innerhaupt diese gröber.
Und der dritte und vierte Teil sind diese Bereich her.
Und das hätte man nicht erwarten können. So,
wir haben aufgrund unserer strukturellen Vorhersagen oder Mordellierung,
erwarten wir vier Domäne, 1, 2,
3, 4. Aufgrund der Sequenz,
aufgrund der Sequenz erwarten wir 1,
2 und 3
So, wie kann man das interpretieren? Es bedeutet,
wir haben einen neuen Pretain, mit struktureller Einheiten.
Der erste Tal ist evolutionär gesellen, wegwerfbar oder mindestens nicht schlimmer anweisend.
Der zweite Tal, so die Roader-Strukturen her, ist diese Tal.
Und das ist auch Wegwerfbar, wenn ich das sagen darf.
Aber die Drische und Vierter, strukturelle Demeiner,
erkennt man nicht, aufgrund der Sequenzen.
Sie sind immer anweisend, obwohl es Lücke überall gibt.
So, Tile and 3 und 4,
in diesem Alignment, verhalten sie als einer Einheit.
Obwohl Strukture sein, würde man zwei Einheiten erwarten.
So, die Zahl der Demeiner ist wirklich häufig sehr unterschiedlich,
wenn man mit Sequenzleuten reitet.
Und wenn man mit Strukturell, struktureller Leute reitet. So,
Sequenz und Struktur sollten an sorten gleichen Terpretierbar sein,
aber häufig bekommt man unterschiedliche Bilder von Sequenzen und von Strukturen
Probiere ist, das Zusammenzufassen.
Es gibt wirklich unterschiedliche Bedeutungen für deinen Begriff Purchain Dominer.
Die Beo-Chemiker meinen Tyron von einem Prötschein, mit unterschiedlicher Funktionen.
So, das wäre ein funktioneller Definition von Proytain Dominer.
Sequenzleute meinen Brücke, Brücke von Proytain-Sequenzen, die immer evolutionär zusammen sind.
Und in dieser Vorlesungen reite ich nur von struktureller Deminer.
Und das bedeutet, kompakter Einheiten von Proytainer. Manche Leute würden sagen,
kompakter Einheiten von Proytainer, die unabhängig voneinander sich balten können.
Aber das ist ein bisschen, das ist nicht immer
der Faser, ist leider einfach von kompakter Einheiten.
Und nie von funktioneller Deminer und nicht von Sequenzbesehrer Dummeiner.
Dann kommt die Frage, sorgen wir Proytainer aufgrund ihrer Strukturen oder Sequenzen
klassischer Sehren. Aber es gäbe, geil bei Ihnen,
die Antwort am Anfang. Es gibt beide Sequenzklassifizierungen und Strukturbesehrer
, strukturklassische Erzählungen.
Und sie sind unterschiedlich
So, warum sind Sie so unterschädlich? Es gibt zwei
Gründe. Erster, deine Erster habe ich schon erweint.
Die evolutionäre Fahrzeiger von Prätraine timen sind unterschiedlich. Es ist wohlmöglich,
dass in der nah bei der Ursuppe kamen zwei strukturelle Domainer
zusammen und sagt dieser Zeitpunkt, haben Sie nie voneinander getrennt.
Service sieht aus als Ob 2 Compact Domainer.
Auf deinen Sequenzniveau verhalten sich als eine Einheit.
Aber es gibt noch mehr zu diese Geschickte.
Strukturelle und Sequenzeinrickheiten unterscheiden sich stark voneinander. So hat man
ähnliche Sequenzen. Das bedeutet, dass es gab wenige Mytationen.
Und sie sind evolutionär nah miteinander verwandt. Und wer erwarten
eigentliche Strukturen? So, ähnliche Sequenzen, avagen there ähnliche Strukturen.
Umgekehrt ist es wirklich ganz anders. So, ein Beispiel
. Hier sind zwei Prätainer mit sehr unterschiedlichen Funktionen.
So, das ist ein Transport, ein Übertragungs-Prätain und das
ist ein Enzeln
Macht man die richtiger Überlagerung von dieser zwei Dominer? Sieht man,
dass sie wirklich sehr, sehr einlegt sind. So,
ein System liegt in lila here und ein System road und die Secondar-Struktur,
strukturelle Einheiten sind fast fast identisch und Söger,
die unregormäßiger Struktur in diesem Brat.
Sehr einblick sind. Aber die Sequenz-Signal-Card ist sehr, sehr niedrig.
Siebzehn Prozent Sequenzedentität. Zwischen dieser zwei Protainer und siebzehn Prozent ist in dem Brat,
das man erwartet von zufällig ausgewählter Protainer,
die Ähnlichkeit zwischen dieser zwei Protainer, kann man mit der,
mit deinen besten Sequenzmethoden nie finden.
Die Sequenz-Signal-Card ist wirklich viel zu niedrig. Obwohl die Strukturen
sehr, sehr eindrig sind. Sondern es bedeutet,
und es ist ein Beispiel, aber ich konnte,
ich könnte viel finden.
Es bedeutet, dass hat man eigentlich als Sequenzen,
hat man eigentliche Strukturen. Hat man eigentlich als Strukturen,
ist es womöglich, dass sie sehr unterschiedliche Sequenzen haben.
Und ist dieser Beispiel einer Ausnahme? Überhaupt nicht.
Es gibt Hunde von Barspella. Es ist total normal.
Wir haben sogar eine Webserverwende-Server, das Markt Struktureller Verglager,
um Sorgebarspiele zu finden. Nicht für Spaß,
aber für Leute, die wollen die evolutionäre
geschickte Ehre Preutiner finden
Und es gibt andere Leute mit eigentlichem Service.
Hier habe ich ein typischer Plot-Train-Struktur von Milia. So,
es gibt so ein Plot-Train, das heißt 1CON.
Der Name ist egal. In dieser Familie von Strukturverwandter Proytainer
haben wir einen Namen her, aber wir haben die Sequenz-Identity
in dieser Spalte her.
So hält es
unsere SUG-Proytainer
Wir haben die länger des Elements her. So,
die erste Hit ist 1 zur UN mit 1 zur UN.
So, wir haben in einer Alignment von der ganzen,
ganzen Sequenz 200 Rester, 100 Prozent Sequenz identited.
Und der nächste Herd ist für die Hälfte, für ein 100-Erfrester,
sehr einmal, mit einer Rootman-Square-Deviation von einem Hauptangst dran,
über ein Meer aus ein 100 Rester.
Und das bedeutet, dass die Strukturen in diesem Bereich,
die Hälfte sind wirklich fast identisch,
aber die Sequenz signly card ist nur ein Viertel.
Und die andere Mitglieder Death Familie,
und sie sind wirklich relativ nah verwandt, soll für einen 100 Rester,
so, aber Zahn sind ein bisschen mehrer als ein 100er,
ein bisschen weniger auseinander.
Die Rootman-Square-Deviation von Corona, sind immer ein paar Angst dran.
Obwohl es gibt überhaupt keine Sequenz einlegcard, die man seien können,
Arkanter. So, dieses ist einfach ein typisches Beispiel.
Das sieht man überhaupt. Es gibt tausende von Pretaine
Struktur von Million und innerhalb die Struktur von Million gibt es
Mitglieder mit fast keiner signifikanter Sequenz einlegcard
So, I'm build there. Wir haben einen Raum mit Sequenzen.
Und ein Feel kleinerer Raum mit Mirror Good Mett Chuteuren.
Und unterschiedlicher Sequenzen, Familie, falten sich zu ähnlicher Strukturen her.
So, das ist noch einfacher. Build. Das ist nicht
quantitativ. Aber um alles zusammenzufassen, hat man eigentliche Sequenzen.
Hat man ähnliche Strukturen? Hat man unterschiedliche Sequenzen?
Könnte man ähnlicher Strukturen haben? Und gibt es so
einen Grund dafür
Es gibt da ein paar Gürtelgründe. Zuerst denken wir an Evolution
. So, in Evolution spielen wir bei nuklearer Kernkraftwerker.
Und wir mütieren. Und wir rauchen Sigaretten und fressen müde,
myriganischer Chemikalien. So, es gibt viele kleine Änderungen auf
deinem Sequenzen überall. Faltert einen Parteien nicht nach einer Mytation
Das bedeutet, unsere Funktion würde nicht funktionieren. Also,
wir haben immer Mytationen, aber wenn die Struktur sich ändert,
ist es fast unmöglich, das Unplythain funktionell bleibt.
So, man stirbt oder besser gesagt, die Kinder sterben.
Hat man Sequenzänderungen, Mytationen? Und die Funktion der Pretain
ist nicht gescheitert
Ist es möglich, dass diese Sequenzänderungen werden von Generation,
zur Generation übertragen? So, wir haben viele Sequenzänderungen innerhalb
der Begrenzungen, dass das Pretain noch funktioniert. So,
auf App von einem Evolution, evolutionärer Sixpon, erwartet man,
Bräuchersequenz von Million, aber nicht so viele Änderungen auf deinem strukturellen Evel.
Chemischgesign könnte man sagen, dass Sequenz bestimmt die Struktur So,
es gibt viel und es gibt viele Sequenzen, die zu einem Struktur passen.
Und ich habe viel mehr zu dieses Time at nächstes Semester, in Sonnesemesters.
So, es gibt Begründe man erste Physik und einfache energetische Modelle.
Für die Behauptung, das Unterschied unterschiedliche Sequenzen zu ähnlicher Strukturen,
Zeckfalten können. Und dann betruckten wir die Frage einfach empörisch.
So, betruckten sie die so genannte universelle Proteiner.
Es gibt ein paar Dutzend davon,
so mancher Leute würden behaupten, es gibt 50,
60 Protainer, die man in our labns argens sieht.
Zum Beispiel ein paar Protainer aus Diana, replication.
Und dieser Protainer haben sinnhafter Erde für ein paar hundert Millionen Jahren.
Ihre Funktion ist meistens good behalten, aber die Sequenzen haben sich redical geändert.
So denken sie zum Beispiel an Ribo Zoe Mauer Protainer.
Sie sind die Macken, die deutscher Funktionen in ähnlicher Funktionen
in Bakterien und in Leuten, aber es gibt fast keine Sequenz,
ein Recard.
So langer evolutionärer Zeitspanne
Können wir, was passiert, wenn man Pretainer per Sequenz klassifiziert?
So, vergessen wir, Hyrak,
Hyrakische Klassifizierungen oder die Art von Klassifizierung,
machen wir einfach eine Classifizierung vom Pretainer, aufgrund Sequenz ein like card.
So, man könnte irgendeine Werkzeug nutzen, eine schnell,
schnelle Alignment-Methode, wie zum Beispiel Last or the Fasty oder Crusto,
die erste 2 sind schneller Methoden
Und wir machen eine Stick-Purple, our Protainer, in der Peutin-Datenbank.
Und sammeln wir in Krossen, our protainer,
mit einer Aimlith-Karte, größer als ein Grenzwert.
Zum Beispiel besuchen wir our Protainer in der Peutin-Datenbank
und machen wir klasse innerhalb jeder Klasse,
die Sequenz einlegt hat,
mehr als 90 Prozent ist
Und dann bekommt man mit relativ aktuellen Zahlen ein bisschen weniger
als 60.000 Krusten. Nutzt man eine andere Grenzwelt,
soll Pro-Tainer mit mehr aus 50 Prozent Sequenz-Identity.
Gehören zu einer Klasse. Dann hat man vielleicht 45.000 Krusten
. Okay, aber die Zahlen sind relativ groß.
Sagen wir ein paar Mau, sein Hog 5 Krusten.
Aufgrund Sequenzen
Magdmann, eine Struktur basierter Klassifizierung von Preuthainer,
findet man einen Part tausend Sequenzen.
Strukturen. Und vielleicht würden fast alle Leute schätzen,
es gibt viel weniger aus seinen Hook 4, struktureller Klassen.
Grow gesagt, ein Potenzordnung weiniger,
aus Sequenz basierter Klassen
So, es gibt ein größer Unterschied,
wenn man mit Sequenz oder Strukturen, Pretainer, Classifiziert.
Und jetzt ein Beispiel von einem Strukturbeseher, Classifizierung