Wir haben Rückwärtswinkeln, Fascialplots, Ramon Chandron Plots,
als Ast-Eigenschaft betrachtet, aber es gibt noch mehr.
Um die Qualität, um von der Qualität einer Sammlung von Koronaten
zu diskutieren, hört man deinen Begriff Clashals sehr häufig.
Und das bedeutet Clashes, Kollisionen zwischen Atomen.
Wir wissen, dass es physisch unmöglich ist,
Atomen aufeinander zu schauen
Wie wäre die beste Methode, um Kollisionen zu sein?
Man könnte ein voller Lennard Jones oder Fundevals Energy berechnen.
So erinnern Sie sich aus der voriger Vorleisung, die physische Modell ist.
Wir haben deinen Abstand zwischen zwei Atomen. Und dann haben wir
eine Funktion, dass No bei größerem Abstand Anstände ist.
Es gibt ein Minimum, wenn sie good gepackt sind.
Aber wenn Atomen zu nah nah einander kommen,
wächst die Energie
sehr schnell
Das könnte man berechnen, aber es ist nicht nötig.
Was ist der Herbstpunkt von dieser Formel? Der Punkt ist,
dass innerhalb dieser Bereich ist alles möglich und erlaubt,
aber wenn oft holmen Sühner aufeinander sind,
ist es physikalisch total und nerdbreak.
Wirklich verboten. So, was wir bauen messen oder berechnen,
ist einfach, wie nah sind Atomen zueinander. So,
die schnellste Methode ist, Für jede Atom haben wir einen Bekannten Radius.
Und die sind Lehrbuchverser. So, zum Beispiel ein Sauerstoff
hat einen Radius von ein bisschen weniger aus allen Hauptangst dran.
Und kein Atom, kein nicht gebundener Atom,
darf nahe sein. Soll zwölf Wasserstoffe tomen. Ja,
wenn es Sorge gibt, kein Wasser,
kein Sauerstoff atomen, dürfen nicht näher aus drei Angst drum
Es ist einfach nicht unmöglich, wenn sie nicht miteinander gebunden sind.
So, wir räumen Pretain mit an 1000 Atomen,
so in 1000 Is her,
können wir deinen Abstände bregnen zwischen EId und Paar.
Und das ist nicht so teuer, an 1000 Atomen,
wir haben an 1000 Mau an 1000 durch zwei Abstände, an halben Millionen.
Und wir haben bekannter Radie für Jäger Atom und sein potenzieller
Freund und wir brechnen deinen Abstand und wenn dieser Abstand,
die Ijosh. Kleiner aus die Summe von RAE und RAJ
ist, dann sollten wir uns beschweren.
So ein Beispiel Brechnung. So, ich habe die Koronagen
von vorher benutzt und für diese Brechnung habe ich einfach Kinäre benutzt.
Es ist kein größer Berechnung. Und ich fragte Kmera,
wie völker Paaren haben Up Worker Paaren von Atomen,
haben Abstände, die einfach zu klein sind.
Und ich bekomme Analyst. So, der Stickstoff von Sparragee
44 ist zu nah. Und erster Delta-Stickstoff von Histoday 43.
Also in 31 ist die erste Delta-Stickstoff,
wenn man das Ringen verfolgt, auch für beide German Tersia.
Und die Zeit der Stickstoffe, das ist die Seichenkette,
Stickstoff von Luzane, 245, ist zu nah an deinem Beichard-Kohlenstoff von Fenue
Alanaine 197. Und es gibt auch ein paar andere Paarschwere.
Okay, also wir haben ein Problemstoff innerhalb eines Pretins identifiziert.
Jetzt sollte man
tiefer einschauen
Jetzt ein Beispiel von dem vorigen Folien, der Dresser Clash
aus der Lister von Kollisionen. War es einfach darzustellen ist,
so auf der Liste steigt Fenou our name 38,
Epselon Kohlenstoff 1, so Arthur Byder Gamer, Theater,
Epsel Kohlenstoff Hill, Epselon Kohlenstoff Hill.
Und die zweite Atom ist von Valin, Valin 60,
Polenstoff Gamer 1. So author Byder Gamer here. So,
es ist der Abstand zwischen diesem Kohlenstoff und dieser Kohlenstoff.
Mit diesem Pfarr-Mark here. So, ist es wirklich ein Problem?
Es gibt ein Schleck der Energie, ein behaupteter Kollision,
aber wenn ich Sorge Probleme sein würde, würde ich fragen,
ist es möglich, dass wenn man dieser Winkel her ein bisschen rundum getreut.
Wäre nicht aus, würde nicht aus super good ass sein.
Soll meine Behauptung ist, ja, die Quodenagen sind scheinbar
an Vision schleckt, aber sie sind nicht überaus schleckt.
Es gibt eine kleine Anper, Anpassung und dann
würde aus good ass sein
Wir hatten Rückgratswinklung und Kollisionen, was sonst haben wir,
die Router Merls von Seitenkettern. So,
Router Merra sind der Winko her mit meiner Finger dargestellt.
Wer rein von Seichenketter, so in Volker Rüttung,
zeigt sich einer Seitenketter. Sie würden sagen, können wir
Torsionswinklung, Energie prägt haben? Ja, das könnte man.
Aber es ist wie bei Leonard Jones, Anna Gain.
Es ist ein bisschen overkill
Und es gibt dann praktischer Ansatz. Und es ist rein empödisch,
sondern es gibt keiner Theorie her. Was man machen kann,
oder was würde er von anderen gemacht ist,
sie haben gute Strukturen, so hochauflösungsstrukturen, in der Prettonine-Datenbank benutzt.
Für jede Art von Sachencasher hatten sie dein Torsionswinklung
erst geregnet und gespeichert
Und dann haben sie Histogramer,
Pro Trosionswinkeln und Pro Arad von Resta, Aske Platters.
Und Hedestein, gutes Beispiel. So,
das ist die erste, so Key 1, erste Trosionswinkeln,
von Systemresta, von Hoke-Auflösungsstrukturen in der Präsident-Datenbank.
Und was sieht man? Es gibt wirklich drei Geseiner,
drei,
bevorzügter Konfirmationen für diese Winkel Key
Man könne sagen, dieses dann ein bisschen bevorzugt. Aber wichtiger ist,
es gibt fast keine Beobachtungen von Winkeln her oder her zum Beispiel.
Sie sind empördisch gesein, verboten oder das sollten wir nicht sagen.
Erster gewöhnlich. Statistisch, uronymerisch gesein. So,
wir können wahrscheinlich Carson berechnen für die Sargent-Kevin-Winkeln.
Und das ist nicht, das hat nicht so schwierig.
So, wie würden sie Wahrscheinlichkeiten berechnen? Okay,
in diesem Beispiel könnte man zu West die Zau der Beobachtungen zu Meeren,
sodass wir ja da die Oberflacht unter die blauen Baukonen.
Und dann um die Wahrscheinlichkeit von einer Winkel her zu brecken,
würde man die Zau, die Zau her, dürfte die gesamte Fettteilung teilen.
Und man bekommt dann irgendeinen Zau. Aber hat man einen Winkel her,
wo es fast keine Beobachtungen gibt, würde man an so,
wie 1 oder 2, durch eine größere Zahl teilen.
Und man bekommt eine Active Wahrscheinlichkeit oder empördische Wahrscheinlichkeit,
dass diese Winkel her, es nicht ein Hard an einer Wahrscheinlichkeit,
nicht Gorg 0, aber sehr nah an No.
So, wir können einen neuen Score berechnen,
ein Wahrscheinlichkeitsscore für Kawardinaten.
Und das ist häufig benutzt
Die Anwendung von Diese wahrscheinlichen Karten.
Hier ist ein Beispiel aus deinem Projection 5 Guy Elvi.
Und man könnte dieser Exossoires oder Anwendung Royaltomer Modulierung nennen.
Ich habe mehr zur Perrigin-Modulierung zu sagen, ein bisschen Speicher
in ein paar Wochen. Was wir haben, Herr,
ist der, wir haben deinen Rückgrat des Preytants her,
so idealisiert dargestellt, nicht mit lauer Atomen,
aber ich habe ein paar Seichenketter dargestört mit our Atomen.
Und hier ist das Fener out power nine,
aus den Quotener Atem. Und dieser sehr liked dargestellt.
Atomen, wenn sie münden, sind die wahrscheinlichste Möglichkeiten.
Aufgrund der Stickpulver, die ich von Asta in Foreign Folian Hasha
. So, es bedeutet, bei Key 1,
es ist diese Winkel her, oder rund um diese Winkel,
wir haben drei Möglichkeiten hier, oder hier, oder her.
So, die erste Winkel ist Toltau in Ordnung für Days
of Fener out nine. Aber die zweite Entwinkung,
es ist Key 2, das entspricht drei jungen dieser Bindung rundum.
So, her mit dieser aramarischen Plara.
Es gibt noch ein paar Möglichkeiten zur 1 und 2.
Und dieser Winkel her ist nicht zu erwarten. So,
ich behaupte, dass Key 1 ist Tolkien, dieser erste Winkel,
und dieser zweite Winkel ist wirklich nicht unmöglich, aber nicht sehr wahrscheinlich.
So, für mich, es ist noch ein Beispiel,
ich habe die ursprüngliche Elektronen-Dick-Dick nicht eingeschaut,
aber wahrscheinlich haben sie entweder verschwommene Erektronen-Dicktiere,
oder sie haben einfach ein Pfeil gemacht in die genauer Ordnung von dieser Ring her.
Und das ist ein Client-Fiber. Es ist nicht,
es bedeutet nicht, dass die Struktur Toltau auf Barsch ist.
Es bedeutet, dass die Struktur Toltau auf Barsch ist.
Es bedeutet nicht, dass die Struktur Toltau auf Barsch ist
Es ist Zeug für einer endgültiger Beeurerteilung von diesem Beispiel.
So in meinen zwei Pretainer, PVMX, das Good Ass sah,
5 Galowaii, die nichts soll good Ass sah.
Und ich habe dieses Paar aus Beispiel benutzt, weil,
by the protainer haben die gleiche Auflösung von zwei Amsterdam.
Und beide stammen aus 2021. So,
es ist nicht außerhalb einer Struktur, Ur-Autist.
Und sind die Problemer wichtig?
Man könnte sagen, nicht, dass die Probäume nicht
so schwer sind, die Colsionern waren immer relativ clein.
So ein Homeber Angstrum, Anpassung der Koordinaren
würde die Pfeile erhoben erhaben ohne Probläumer.
So, die Koordinaten sind wahrscheinlich nicht so schlimm.
Andererseits könnte man sagen, dass Talen des Rückgrats
Total nerkenhaft sind
Rassist, der V. Es gibt Atomen in der Pretain-Darrenbank,
die weglich falsch sind. Sie hatten keine Elektronen, Elektronen entdeckt.
Sie haben Atomen irgendwo angebaut und sie haben Forscherentscheidungen getroffen.
So, wie wichtig ist es? Das ist von der Anwendung abhängig.
Vergleichen wir Proteine miteinander? Klimafile sind nicht so wichtig. Ja,
ich würde die Einlichkeit zwischen dieser Koordinaten und einem verwandten Perchain
sofort erkennen. Redet man mit jemand, der Docking-Kerkulations,
Docking-Prechnung und Markt oder jemand, der mit Legantbindungen arbeitet,
dann ist vielleicht ein halber Angst rum relativ, relativ wichtig.
So, vo has stummen these problem up? As the data?
Fin light, es ist für mich wahrscheinlich eine Frage,
wo hat ihre Programme, die Atomen eingebaut?
War so viel heutzutage, würde automatisiert. Man hat Elektronen-Dick,
ein Modell und man hofft, dass ein Programm die kleinen Filler reparieren kann.
Fit light headen sie, ein anderer Programm benutzt,
hätten sie schöner
auch Sciento-Koordinaten
So, um diesen Teil zusammenzufassern, es gibt Eigenschaften für Qualität.
Wir können Raymond-Chandrom-Plots nutzen. Und Raymond-Chandrom-Plots auf einer Seite,
weder spägeln sie Active-Physik. So,
Raymond-Chandrom-Plots sind ein Ergebnis von Wasserstoffbrücken und Kollisionen und Survager.
Auf der anderen Seite nutzt man rein empödische Daten.
So, vergessen Sie die grüne Konturen nicht auf deinen Prime-and-Chandrom-Plots.
Sie sind empödisch, definierter Bracher, wo man Rückgratswinkeln findet.
Wir haben Kollisionen benutzt und auf einer Seite haben wir Physik,
Sir Lenny Giants, Wechselwirkungen und Electro-statische Wechsel, Wechselwirkungen,
aber in Praxis nutzt man harter Radie für Atomen.
Und wir haben Rod-Rote Meerer-Betragter. Und nochmal eine erfahrene Seite
gibt das Physik zu einer Mischung von Beiträgen von Torsionswinkeln,
Lenny Jordans, Wechselwirkungen und auch etwas statische Wechselwirkungen.
Aber ich sollte in Praxis nutzt man Frequenzen aus der Predatin-Datenbank.
Kann man unserer Annäherungen rechtfertigen?
Ich würde Ja sagen
Fokussieren wir auf Kollisionen, als ein gutes Beispiel.
Und ich komme zum Punkt in ein paar Sekunden.
Es gibt immer zwei Seuchende Worte. Es gibt empörtischer,
beobachteter Wahrscheinlichkeiten. Und es gibt Hardcore-Physik, um beide sind
zwei Seiten der Glarkenphänomene. So, ein Conkretes Beispiel.
Hier ist ein Modell für Lennard Jones, Anna Gains.
Ahead ist der Abstand zwischen Atomen. Hier ist die interne, potenzielle Energie.
Und was wir machen mit unserer Schätzungen von Kollisionen ist,
wir sagen, diese Form her ist uns egal.
Wir sorgen einfach, wenn an Abstand kleiner aus D
diese Blauer Linie her ist, ist das System unglücklich.
Und für fast aue Anwendungen für Qualitätsschätzungen, what deezer Annäherung.
So, wir brauchen diese genaue Form nicht. Und das
haben wir eigentlich mit Rot und Mera benutzt, gemacht.
So, wir haben heute mehrere Rückgrats und Rückgratswinkel.
Und wir haben wirklich nur Statistik, erster Prettin-Datenbank benutzt.
Und wir haben gezeigt, wie häufig ein Winkel in der Prettin-Datenbank vorkommt.
Und warum sagte ich, dass Wahrscheinlichkeiten und Energains zwei Seiten der Gliker geschickten sind?
Wow, es gibt da einen gut bekannter oder superviktiker Beziehung.
Und das Formul müssen sie nicht für die Klausur erinnern.
Das fragt hier einer und jedes Jahr. Aber da ist,
dass die Wahrscheinlichkeit, surphi, von irgendeinem Zustand,
I hängt von einem exponentiellen Funktion, der Energie oder der Geigentor,
so ein Minus-Forzaken, der Energie von Zustand, I ab.
Durch die Temperatur und dann konstant her. Und das bedeutet,
dass niedriger Energiezustände, so minus ein größeres Zahl,
hat ein Hörer wahrscheinlich gehabt, als Hörer energie, positiverer Energien.
So, was wir seinen, die Word sind,
die niedriger Energiekonformationen.
So,
alles ist logisch und praktisch
Let's the talk from these a fallizon.
Wir saugen endlich die Kohlenatschen von 5 Guy Alway bewähren.
Und vergessen sie nicht, es ist kein heiliges Protain.
Es ist einfach ein gutes Beispiel. Die Kohle nachhin von
5 Guy Alway, sind sie wirklich falsch?
Fragen Sie mich nochmal in 3 Minuten.
Hier sind die Quote Nathan von 5 Guy Alway,
erste President-Datenbank in dieser Bayisch-Goldener Farbe her.
Ich habe die schlimmste Clashials entfernt mit einer kleinen Energie-Berechnung.
Und dann habe ich die blaue Cordonaten her.
Und die blaue Cordonaten seien viel besser aus.
Aber vergleichen sie, die bei Goldene Cordonaten und blaue Kohlenaten.
Sie sind fast identisch. In dieser Tal von einem Beiter Footblatt
sind sie wirklich identisch. So, es gibt nur die
Kleinste Änderungen her. So, vielleicht würden sie sagen,
ah, sie haben die Seichenketten nicht dargestellt.
Und das stimmt. Sophie Like, die Seichenketten haben sich
ein bisschen angepasst
Jetzt habe ich Aua, schwerer Atomen, bevor und nach einer Energieminimierung.
Ja, und es gibt meistens sind die Kohlenaten fast identisch,
es gibt ein paar sigbare Änderungen her und Hehl zum Beispiel.
Aber die Unterschiede sind sehr, sehr klein. So,
bevor und nach einer Verbesserung der Quote nattern,
die Unterschäler sind nicht zu ignorieren, aber sie sind überhaupt winzig.
Die Übereinstimmung, nach der Verbesserung der Koordinator,
mit deinen Ursprung, eucher angegemessener Daten, ist nicht schlimmer.
So, die Koordinatoren sind energetisch besser. Sie haben bessere
Gayometrische Eigenschaften und sie passen Gayoser Good an die gemessene,
christlografische Daten. So, um es zusammenzufassen,
Schaut man auf der Pi-Day bei Saintsha, für 5 Guy O'Vai,
sieht man einen nicht so gooder Beurteilung der Struktur.
Aber es bedeutet, näher, dass die Quote nachen,
sind meistens in Solkai und mit Hanbischen Mühe,
hätten sie die Kommode nachen verbessern können oder sie hätten unserer Aufmerksamkeit vermeiden können.
So, Sie sorgen Fragen. Okay, das war langweilig,
nachher eine lange geschickte, haben Sie gesagt,
wir haben die Kohdonaten aus Schlecktböltaut und dann haben Sie gesagt,
ja, Sie sind nicht seugschleckt.
Gibt es, schleckt er Strukturen in der Private-in-Datenbank?
Ja, es gibt viel Schlecktore-Boarspailer. Und wenn Sie Total pervers sind,
sollten Sie nackt da im Begriff Obsleed Protain-Datenbank synken.
Und dann findet man die Kohdonaten,
die für ein paar Jahren in der Datenbank waren,
aber jetzt entfernt würden, weil sie es euch schleckt waren.
Und jedes Jahr entfernt ein paar Leute ein paar außer Kohdonaten,
wo sie finden, Active Filer.
So, um aus zusammenzufassen, wir haben Eigenschaften,
die wir nutzen, um die Qualität von Strukturen zu beurteilen.
Sie sind sehr hilfreich, aber sogar diese Zahlen sind ein bisschen einfach.
Und wenn ein Struktur für sie wirklich ist,
dann muss man ein bisschen Täfer einschauen
In letzter, drei Folien von Deezer Full Lightsong.
Ich muss ein paar Wörter zur Oberflecken sagen. Ist das
ein Tal von Qualität? Es ist, aber es ist
nicht so gut quantifiziert. Overflug, Eigenschaften sind etwas,
das man nutzt, um manchmal schnell zu sagen,
gibt es etwas erster gewöhnlich mit unserem Pritain.
So, ich höre von Pritain Over und Frechheit und typische Prettiner, typischer Wasserlöselischer Prettiner.
Nicht von exotischer Membran, gebundener Rezeptorin zum Beispiel.
Von typischer Protainer, was erwarten sie? Wir wissen,
dass die oberflach muss mehr geladen und polar aus der Misser des Prettins sein muss.
Sonst würde die Mitte eines Prettins sich in Wasserlösungen einfach lösen.
Und gibt es hafte overflock viele positive oder negative Ladungen?
Es ist nichts so häufig gesein, aber es gibt Beispiele von Protainer,
die säurisch oder basisch, prettin, genannt würden.
Sondern es gibt Accitic Domains in der literatur.
Ja, is cannot feel a bart spiele davon.
Gibt es Bräucher auf der oberflach die hochgeladen sind? Nein,
das wäre außergewöhnlich, aber vielleicht ist existieren sie ab und zu,
denken sie an einen geladenen Substrat für einen Nancy.
So ein Fossfight, ein Phosphatgröber hat eine negative Ladung zum Beispiel.
Und ich kann mir vorstellen, dass es gibt viele
positive Stellen auf Pretainer, die Fossfartgröber binden. Haftmann,
ein Töterhydlophobischer Overflock, etwas sehr neutral mit Phil Leutzehn,
Esolots in Valinn oder automatischer Esther,
dann weiß man dieses Pretain wäre nicht Wasser löslich.
So,
das ist auch unwahrscheinlich.
Nicht unneugrig
So, hier ist doch ein Beispiel von einem relativ typischer Protain,
aber es ist ein Protain in einem Oxidationsreaktion.
So, and product paddox huddaza. So, here seht
man überhaupt nichts. Das ist ein guter Methode,
die Struktur eines Pretains darzustellen, aber man seht nichts.
Malt, Mann, oder zeigt man our Autoren?
Seht man, ja, es gibt zwei gebundene Eonen,
mindestens in der Cristals-Struktur. Aber man sieht nicht fair.
Ich kann nicht sagen, was sind die Eigenschaften von Daisy Pretain?
Nutzt man die Oberflach her, sieht man etwas außergewöhnlich.
Man sieht, dass es gibt eine Hochpositive geladene Projekte, Oberflach here.
Und ein bisschen her und negativ geladene Bereiche inzwischen.
Aber dieses type, für mich seht ein bisschen as a
gewöhn make ass. Aber es ist nicht so außergewöhnlich,
wenn ich weiß, dass diese Appreutine ein Paddle,
Paddoxidaza ist
Zum Beispiel von etwas, das scheint super außergewöhnlich zu sein.
So ein säurischer Protain. Es gibt noch einen Namen,
5 geil, weil das ist nicht so wichtig.
Gucke ich auf die Atomen, sehe man x.
Gucke ich auf die Secondash-Struktur-Darstellung? Seht man nix.
Gucke ich auf die Oberflach mit Ladungen, dann sei ich
etwas sehr außergewöhnlich.
Dieses Protain ist
voll negativ geworden
Das bedeutet, es hat Fehler, Aspartage und Grünto Marta Arester.
Ist es Verdectik? Nicht, wenn ich weiß,
was Days of Pretain macht. Und nicht,
wenn ich auf die Sequenz gucke, dann würde ich sein,
es gibt zwei Fehler, Aspartage und Grünto Marta Rester.
Das könnte ich mit einer einfacher Eso-elektrischen Punktbreak nennen
Ich würde sein, dass die eso-elektrische Punkt für dieses Pertain
Linked Bye 4 oder 5, etwas as a governally niedrig.
Und es gibt keine kompensierende Ladung. Dieser Ist-Time as City Shirt Prettine.
Außer Dust, das zu wissen, würde ich sagen,
uh, es gibt etwas unerwartet mit diesem Prettine.
So, das right für Qualität von Prettine. So,
um wirklich aus zusammenzufassen. Wir haben Eigentschaften, Graham at Chandronports,
rucker ruckgrats, Winkeln und Seiten, Cattle und Kollisionen.
Wir können sie aufgrund der Physik betrachten, aber das Matt-Fass nehmen.
Wir haben empyrischer, typischer Vera und die nutzen wir
um die Qualität unserer Proteins zu schätzen.
Aber es ist nicht sau einfach,
weil für die Leute seien die Quote nachher nicht so gut raus,
aber sie sind so nah an guter Koordinator.
Eine kleine Anpassung und sie werden, es gibt nichts
zu bemerken
Und am Ende haben wir DEL Dive und Overfly, Overflyher.
Seien sie plausibel aus. Oder sieht man,
dass wir haben etwas außergewöhnlich. So,
just like für Qualität und in den nächsten Dateien
werde ich über Pretain-Struktur Feld Wiken